Az oltás és a narkolepszia kialakulása közötti összefüggést hamarosan igazolták Leonoor Vijnans és munkatársai (The incidence of narcolepsy in Europe: Before, during, and after the influenza A(H1N1)pdm09 pandemic and vaccination campaigns, Vaccine), azonban az összefüggés hátterét csak most sikerült tisztázni. Mint Deborah MacKenzie írja a New Scientist egyik legutóbbi számában, kiderült, hogy a 2009-es járványt okozó vírustörzs egy felszíni proteinje, amit a Pandemrix és más, 2012-ben alkalmazott infulenza-ellenes oltóanyagok is tartalmaznak (influenza hemagglutinin, HA), nagyon hasonlít az orexin/hipokretin elnevezésű agyi ingerületátvivőre, illetve agyi peptidhormonra. A HA-molekula köti a vírust a felsőlégúti nyálkahártya sejtjeihez, illetve a későbbiekben a vörösvértestekhez, az orexin feladata pedig a hippokampuszban felszabadulva az ébrenlét biztosítása. A két molekula hasonlósága a fogékonyakban autoimmun folyamatot indít be, aminek következtében elpusztulnak az orexintermelő sejtek, és kialakul a nappali leküzdhetetlen álmossággal, alvásrohamokkal járó narkolepszia.

Az Emmanuel Mignot vezető szerző és munkatársai nevéhez fűződő felfedezés a Science Translational Medicine-ben jelent meg (CD4⁺ T Cell Autoimmunity to Hypocretin/Orexin and Cross-Reactivity to a 2009 H1N1 Influenza A Epitope in Narcolepsy). Mint a szerzők írják, az ébrenlét fenntartásáért felelős, 70 ezer poszterior hipotalamikus orexin-sejt pusztulása a CD4-sejtek aktiválása révén következik be. A kutatók 39 narkolepsziában szenvedő gyermeket és nem beteg testvéreiket vizsgálták (köztük négy egypetéjű ikerpárt), akik valamennyien megkapták az oltást. A narkolepsziában szenvedők CD4-sejtjei az orexinnel és a HA-val egyaránt reakcióba léptek, míg a nem betegek CD4-sejtjei egyik proteinnel sem. A 2012-es influenza-oltás szintén tartalmazza a 2009-es vírus HA-proteinjét; azoknak a gyermekeknek a CD4-sejtjei, akik ezt az oltást kapták, és narkolepszia alakult ki nálunk, szintén megtámadják az orexintermeló sejteket.

Mignot a New Scientistnek elmondta: „a 2009-es HA-protein, akár oltásban van, akár influenza-fertőzés révén jut a szervezetbe, az orexintermelő sejtek pusztulását válthatja ki. Korábban az oltásban lévő adjuvánsokat okolták a narkolepszia kialakulásáért, most kiderült: a HA-ellenes immunreakció a felelős, amit az adjuvánsok felerősítenek.” Az viszont továbbra is rejtély, hogy miért vannak olyanok, akik immunrendszere nem keveri össze az orexint és a HA-t. A külső triggeren kívül a probléma részét képezheti egy genetikai variáció az immunrendszerben (DQB1*0602), amivel minden harmadik ember rendelkezik, azonban ez még közel sem a teljes kép, hiszen a narkolepszia csak minden 3 ezredik esetben alakul ki.

Pekingben a 2009-es influenza-járvány után háromszorosára nőtt a narkolepszia gyakorisága (Narcolepsy onset is seasonal and increased following the 2009 H1N1 pandemic in china), az Annals of Neurology cikke szerint az emelkedésnek nem az oltáshoz, hanem magához a virális infekcióhoz volt köze.

A narkolepszia nemcsak leküzdhetetlen álmossággal, alvásrohamokkal jár, hanem gyakran társul alvási paralízissel is, ami igen félelmetes állapot: az elme már ébren van, de az izmait még nem tudja mozgatni az illető. Jellemző továbbá a narkolepsziára a REM-fázis zavara, valamint a kataplexia: érzelmi behatásra az izmok felmondják a szolgálatot, az illető összeesik.